Po atentátu se Kubiš, Gabčík a další výsadkáři skrývali na více místech, než se dostali do kostela sv. Cyrila a Metoděje v Resslově ulici. Kostel se stal jejich posledním úkrytem, protože Gestapo rozjelo po atentátu rozsáhlé pátrání po všech výsadkářích. Výsadkáři zde byli několik týdnů. V napětí, bez možnosti vycházet ven a s neustálou připraveností na možnost prozrazení.
K velkému zvratu došlo 16. června 1942, kdy na Gestapo přišel Karel Čurda. Poskytl Gestapu podrobné informace o kontaktech odboje, adresách i způsobu fungování výsadků. Právě jeho výpověď pomohla Němcům k lokalizaci skrýše v Resslově ulici. V brzkých ranních hodinách 18. června obklíčily jednotky SS a Gestapa celý kostel a zahájily útok.
Poslední boj parašutistů proběhl právě v kostele sv. Cyrila a Metoděje. Parašutisté věděli, že proti nim stojí veliká přesila, ale rozhodli se bojovat až do poslední chvíle. Parašutisté byli rozděleni na dvě skupiny. První skupina výsadkářů byla ukryta v horní části kostela. Proběhla mezi nimi velká přestřelka, při které museli Němci použít speciální jednotky. Druhá skupina, kterou gestapo nemohlo poměrně dlouhou dobu najít, se ukrývala v kryptě. Úkryt měl úzký vstup, takže ho dokázali bránit ještě déle než ti nahoře. Němci do kostela přivedli Karla Čurdu a doufali, že ten je přesvědčí, aby se vzdali. Čurda prý do krypty volal: „Kamarádi, vzdejte se! Nic se vám nestane! Mně se také nic nestalo.“ Parašutisté zareagovali palbou a na další výzvy odpovídali: „Jsme Češi! Nikdy se nevzdáme, slyšíte? Nikdy!“ Mezitím se snažili prorazit si únikovou cestu do kanalizace. Němce však napadl další nápad, jak parašutisty vyhnat ven. Malým větracím okénkem z ulice v západní části kostela do krypty házeli granáty se slzným plynem, ale parašutisté je vyhazovali zpátky ven. Jeden z jejich posledních nápadů bylo za pomoci protektorátních hasičů parašutisty vyplavit. Parašutisté však díky dřevěnému žebříku hadice vystrkávali zpátky na ulici. Nakonec jim ale jeden z hasičů žebřík vytáhl. A tak už jim nic nebránilo v zaplavení krypty. Hodiny v kryptě byly nesmírně náročné a výsadkáři věděli, že pokud padnou do rukou nacistů, čekalo by na ně nelidské zacházení a nucené výslechy. Nakonec, když bylo jasné, že už není žádná možnost úniku, výsadkáři se rozhodli, že se za žádnou cenu nevzdají. Celý boj trval sedm hodin a stál život všechny parašutisty. Pro Němce bylo překvapivé, jak dlouho a odhodlaně dokázala takto malá skupina bojovat proti téměř osmisetčlenné přesile. Nakonec už bohužel parašutisté neměli na výběr. Parašutisté tak zemřeli přímo v kryptě, společně a s vědomím, že tím chrání ostatní, kteří jim v Praze pomáhali. Nakonec jich šest spáchalo sebevraždu, jeden zemřel na následky utrpěných zranění. Jejich poslední boj se stal symbolem odhodlání, vlastenectví a věrnosti úkolu, který přijali, protože dobře věděli, že jejich úkolem nebylo přežít, ale zasadit Německu zásadní úder a ukázat, že československý odpor existuje.